اتفاق دیگری که گریبان اصلاحات را گرفت، قضیه ی «کنفرانس برلین» و مسائل در پی آن بود، هرچند که عده ای معتقدند که این سری اتفاقات ارتباطی به خاتمی و دولتش ندارد و حتی اصلاحات را بری از آن می دانند اما در پی دادگاه های تشکیل شده پس از این رویداد بسیاری از نیروهای فعال اصلاحات در حوزه های مختلف دستگیر و محکوم شدند.
کنفرانس برلین (نام اصلی: کنفرانس «ایران پس از انتخابات») نام همایش ۳ روزهای بود که بعد از انتخابات دوره ششم مجلس شورای اسلامی از ۱۹ تا ۲۱ فروردین ۱۳۷۹ به مدت سه روز از سوی حزب سبزهای آلمان و به دعوت بنیاد هاینریش بل در خانهٔ فرهنگهای جهان در برلین برگزار شد. شرکتکنندگان در آن هدف از برگزاری این کنفرانس را از یک سو نشان دادن نظرات متنوع طیفهای مختلف فکری اصلاحطلب، با هدف ایجاد پلی میان اصلاح طلبان و اندیشمندان داخلی و فعالان سیاسی خارج از کشور؛ و از سوی دیگر برگزاری گفتوگو بین شخصیتهای ایرانی و آلمانی جهت ترمیم و بهبود وضع افکار عمومی آلمانها نسبت به ایران و به تبع آن افزایش روابط اقتصادی و صنعتی طرفین اعلام کردند. کنفرانس از یک سو مورد مخالفت و اعتراض برخی گروههای اپوزیسیون خارج از کشور از جمله حزب کمونیست کارگری و دیگر گروههای چپ و سلطنتطلبان قرار گرفت و از سوی دیگر در داخل با واکنش برخی جریانها و روزنامههایی نظیر روزنامه کیهان مواجه شد. جنجال اصلی بر سر کنفرانس برلین یک هفته بعد از تمام شدن آن شروع شد. ماجرا به سرعت بالا گرفت. آیتالله خامنهای این کنفرانس را توطئه آلمانها و هاشمی رفسنجانی در نماز جمعه تهران آن را در راستای همه توطئههای آمریکا از حمله نظامی طبس به این سو خواندند. کفن پوشها در قم و شهرهای دیگر به راه افتادند و روحانیان طرفدار حکومت حکم ارتداد شرکت کنندگان را صادر کردند. ماجرا به یکی از گستردهترین بحرانهای سیاسی بعد از پیروزی محمد خاتمی تبدیل شد. حکم احضار از طرف دستگاه قضایی برای همه شرکت کنندگان فرستاده شد و به اتهام اقدام علیه امنیت ملی و تبلیغ علیه نظام بازجویی و تفهیم اتهام شدند. اما همواره این ابهام باقی ماند که چرا فقط عده خاصی از شرکتکنندگان در کنفرانس مورد غضب و محاکمه دستگاه قضایی قرار گرفتند.
از میان شرکتکنندگانی که عضو کانون نویسندگان بوده و فاقد پایگاه و حمایتی در داخل نظام، عدهای همچون کاظم کردوانی و چنگیز پهلوان به ایران باز نگشتند و به تدریس در دانشگاههای خارج از کشور و فعالیتهای فرهنگی خود مشغول شدند
بسیاری از شرکتکنندگان اساساً دستگیر نشدند و بقیه پس از چند ماه آزاد شدند اما حسن یوسفی اشکوری ابتدا به اعدام و سپس به هفت سال زندان و اکبر گنجی ابتدا به ده سال و سپس به شش سال زندان محکوم گردیدند، اشکوری بعد از چهارسال و نیم آزاد شد و اکبر گنجی تمامی شش سال را در زندان ماند.
۱۷ شرکتکننده در این کنفرانس با گرایشهای متنوع بودند که بنا بر دعوت حزب سبزهای آلمان در آن کنفرانس حضور داشتند به ترتیب الفبا عبارتند از:
علی افشاری (از اعضای شورای مرکزی دفتر تحکیم وحدت در دوران اصلاحات)
چنگیز پهلوان (نویسنده و پژوهشگر)
حمیدرضا جلایی پور (روزنامهنگار، عضو شورای مرکزی جبهه مشارکت، استادیار گروه جامعهشناسی دانشگاه تهران و از اعضای اصلی انجمن جامعهشناسی ایران و مسئول گروههای علمی- تخصصی این انجمن است. او مدیرمسئول روزنامههای جامعه و نوسازی و همچنین رئیس شورای سیاستگذاری روزنامه نشاط بود.)
محمود دولت آبادی (نویسنده)
فریبرز رئیس دانا (اقتصاددان،استاد دانشگاه اقتصاد دانشگاه تهران،فعال حقوق بشر،عضو کانون نویسندگان ایرانی و زندانی سیاسی)
منیرو روانی پور ( نویسنده)
محمد علی سپانلو (شاعر)
عزت الله سحابی ( سیاستمدار، روزنامه نگار، اقتصاددان، فعال ملی مذهبی، رهبر شورای فعالان ملی مذهبی، عضو شورای انقلاب، عضو شورای ملی صلح، رئیس ستاد بسیج اقتصادی کشور، عضو کمیسیون صنایع و معادن مجلس شورای اسلامی، نماینده مردم تهران در اولین مجلس خبرگان قانون اساسی، رئیس سازمان صنایع ملی ایران و نماینده تهران در دوره اول مجلس شورای اسلامی و نیز رئیس سازمان برنامه و بودجه در دولت مهدی بازرگان)
شهلا شرکت (روزنامهنگار فمینیست ایرانی و مدیر مسئول و صاحب امتیاز ماهنامه زنان)
علیرضا علوی تبار ( روزنامه نگار و سردبیر روزنامه صبح امروز)
مهرانگیز کار (وکیل، روزنامهنگار، و فعال اجتماعی در زمینه حقوق بشر، حقوق زنان و گسترش مردمسالاری)
جمیله کدیور ( نماینده مجلس ششم، استاد دانشکده علوم اجتماعی و اقتصاد دانشگاه الزهرا)
کاظم کردوانی (جامعه شناس و پژوهشگر، دبیر سابق کانون نویسندگان ایران و همکار مجلات مستقل روشنفکری ایران( جامعه سالم، آدینه …)
اکبر گنجی (نویسنده، روزنامهنگار و فعال سیاسی)
شهلا لاهیجی ( نویسنده،مترجم و شاعر، بنیان گذار انتشارات روشنگران و مطالعات زنان)
خدیجه مقدم (فعال محیط زیست، حقوق بشرو جنبش زنان)
حسن یوسف اشکوری (نماینده دور یکم مجلس، نویسنده، محقق، روزنامهنگار، در زمره نیروهایlملی- مذهبی، عضو هیات تحریریه ماهنامه ایران فردا از ابتدا تا توقیف آن و از ویراستاران دانشنامه تشیع و بنیانگذار «دفتر پروهش های فرهنگی دکتر علی شریعتی» و پس از حضور در کنفرانس اتهام وی ابتدا ارتداد بود حکم اعدام را برای وی در پی داشت، اما پس از چندی اتهامهای نشر اکاذیب درباره قتلهای زنجیرهای، توهین به مقدسات و شرکت در کنفرانس برلین بود، مجموعاهفت سال را در زندان گذرانید)
(ادامه دارد-حوادث خرم آباد)